با توجه به احداث سد مخزنی مارون روی رودخانه­ی جراحی، کاهش کمیت و کیفیت آب ورودی به تالاب شادگان، از نظر اکولوژیکی تهدیدی مهم برای اکوسیستم به شمار می­رود. به منظور پیشگیری از عوارض منفی دراز مدت طرح­های منابع آب بر اکوسیستم تالاب، لازم است نیاز آب زیست محیطی تالاب تعیین و تخصیص آب بهینه به منظور کاربردهای گوناگون در نظر گرفته شود . در این پژوهش، با استفاده از تحلیل­های هیدرولوژیکی جریان ورودی به تالاب در رودخانه جراحی، شاخص­های جریان زیست محیطی بر اساس تجزیه و تحلیل مقادیر دبی جریان مورد بررسی قرار گرفت. جریان زیست محیطی در تالاب شادگان بر اساس ایستگاه هیدرومتری شادگان در روش­های منحنی تداوم جریان، قانون شیلات فرانسه و روش اسماکتین به ترتیب 83/6 ، 54/1 ، 18/3 متر مکعب بر ثانیه برآورد شد. در روش مونتانا، جریان زیست محیطی در نیمه­ی نخست سال 54/1 و در نیمه­ی دوم سال 6/3 متر مکعب بر ثانیه محاسبه شد. نتایج نشان می دهد که در ایستگاههای هیدرومتری پس از احداث سد، شاخص جریان زیست محیطی کاهش یافته است.